財政部台北國稅局表示，企業申請適用《產業創新條例》研發支出投資抵減時，只有專門從事研究發展工作的全職人員，其薪資支出才能列入，若員工實際從事行政管理工作、或僅是兼職研發，就不算是研發支出投抵適用範圍。

依產創條例第10條規定，公司近三年內未違反環保、勞工或食安衛生相關法律且情節重大，從事創新研發，且支出項目符合投資抵減辦法，即可申報抵減營所稅。

抵減方式可選擇按支出金額15％抵減當年度應納營所稅，或按支出金額10％從當年度起三年內抵減各年度應納營所稅，所抵減稅額不能超過當年度應繳稅額30％。

其中，可申報的研發支出包括研發人員薪資，但關鍵不在職稱或隸屬部門，而是實際工作內容。

台北國稅局表示，所謂專門從事研發工作的全職人員，包括配置在研發活動單位、專門從事研發工作的「全職」員工。企業即使沒有設置獨立研發單位，只要員工確實專門從事研發活動，且投入研發的各項支出能與非研發活動明確區分，也可符合規定。不過，企業必須提出相關佐證。

舉例來說，甲公司辦理2024年度營所稅申報時，列報研發支出2,400萬元，並按支出金額15%計算，申請抵減當年度應納稅額360萬元。

不過，國稅局核對研發人員名冊、工作內容及研發報告後發現，其中部分員工實際從事行政管理工作，並非專門從事研發的全職人員，因此剔除400萬元薪資支出。甲公司可認列的研發支出降至2,000萬元，投資抵減額也從360萬元降至300萬元。